Margotti inizia la sua carriera artistica come apprendista decoratore e pittore autodidatta. Nel 1917 insegna disegno all’Accademia di Belle Arti di Bologna e dopo la guerra si stabilisce definitivamente a Imola. Nonostante due soggiorni a Vienna (1921) e a Parigi (1926), la sua pittura rimane ancorata a temi iconografici tipicamente romagnoli e a intenti sociali. Tra le due guerre espone a Milano e a Roma, e alla Biennale di Venezia, e nel 1936 inizia ad insegnare Storia dell’Arte al Liceo Classico di Imola.
Anche dopo la guerra partecipa alla Biennale veneziana alle Quadriennali romane, e nel 1946 dà vita alla Mostra Nazionale di Arte Figurativa di Imola di cui rimane l’animatore principale. I suoi soggetti restano pressoché immutati (paesaggi e uomini e donne al lavoro) in tutta la sua carriera artistica, mentre la sua pennellata si fa sempre più pastosa, distesa e crudamente sintetica.
